Le chiese nazionali di Roma erano originariamente sempre legate ad istituzioni caritative, quali ospedali, ostelli e servizi di assistenza ai pellegrini romei provenienti da una certa nazione. Risalgono al Medioevo, ma vennero ufficializzate solo a partire dal XV secolo. Alla base delle chiese nazionali e delle opere di assistenza ai pellegrini c'erano in genere delle confraternite che si sostenevano grazie alle elemosine ed alle rendite, provenienti dai lasciti di benefattori appartenenti alla comunità nazionale di riferimento. Spesso le chiese nazionali erano anche collegate alle scholae (antenate dei seminari), dove si formavano i clerici. Le chiese e le loro ricchezze erano il segno dell'importanza della nazione e dei prelati che le patrocinavano. Per "nazioni" si intendevano anche le comunità dei risiedenti a Roma, ma originari di altre parti d'Italia; il nome si riferiva quindi anche a più regioni e province attuali. Molte di queste organizzazioni furono sciolte ed espropriate con la legislazione sulla soppressione delle organizzazioni religiose del 1873.
Il collegio e la chiesa dei fedeli di lingua tedesca a Roma (Kirche der deutschsprachigen katholischen Gemeinde in Rom), l"Anima" vantano una storia di oltre seicento anni. L'anno di fondazione fu probabilmente il 1350, ma la prima menzione è in una bolla del 1398 di Bonifacio VIII.L'istituzione fu eretta in onore della Madre di Dio con il titolo "beatae Mariae animarum" ed era un ospizio destinato alle persone della nazione tedesca. Quando l'Anima ebbe bisogno di aiuti finanziari per superare le difficoltà iniziali, si distinse in particolare Dietrich von Niem, che ne divenne più tardi rettore.
Nell'anno 1500, in occasione del Giubileo, fu deciso di ricostruire la chiesa trecentesca, ma la consacrazione avvenne solo nel 1542. La fondazione di Santa Maria dell'Anima prevedeva una chiesa nello stile dell'Europa settentrionale, con le navate laterali della stessa altezza di quelle centrali. Dello spirito gotico è rimasta solo l'altezza dei pilastri che sostengono le quattro campate e la profondità delle otto cappelle laterali. La facciata di Andrea Sansovino fu edificata in stile perfettamente rinascimentale italiano e fu completata da Giuliano da Sangallo. La dedica fu preservata con l'esecuzione di un affresco nella cupola che rappresenta la Vergine che salva le anime. L'istituzione, vera e propria chiesa nazionale dei tedeschi a Roma (che in origine erano costituiti dalle tre comunità tedesca, olandese e fiamminga), si legò sempre più agli Asburgo d'Austria, la cui aquila bicipite ricorre frequentemente nel progetto figurativo.
Lo spazio interno è diviso in tre navate e quattro campate con cappelle trasversali a forma di nicchie.
La pala d'altare fu dipinta nel 1521/22 da Giulio Romano su commessa di Jacopo Fugger per la Cappella dei Fugger. Il quadro è intitolato "La sacra famiglia" e mostra Maria con Gesù Bambino in piedi e san Giuseppe in ginocchio a destra, mentre a sinistra ci sono San Giovanni e San Marco, patroni del donatore Giacomo Fugger.
A Saraceni si devono le rappresentazioni dei miracoli di san Bennone (nell'omonima cappella) e del martirio di San Lamberto (nella cappella dello stesso nome), realizzati entrambi nel 1618.
Il campanile è attribuito al Bramante.
La tomba di Adriano VI
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